Прошёл год после возвращения Наруто в родное селение Коноха после обучения у Саннина Джирайи. Однако за этот год многое изменилось с людьми и странами, и это не обошло стороной и Конохагакуре но Сато - после продолжительной войны с селениями Кири и Ива, Деревня Скрытого Листа была буквально сравнена с землёй. И ныне страна Огня является совместной территорией альянса Ивагакуре и Киригакуре.
Многие кланы были практически истреблены - Хьюги скрывались, разбежавшись практически по всей стране; Учихи, которых было лишь двое, а именно, примирившиеся после выяснения правды, Саске и Итачи решили организовать восстание, дабы скинуть цепи гнёта со страны и селения. Про более мелкие кланы и вспоминать не стоит - многие погибли или же ныне стали наёмниками стран Камня и Воды, решив не погибать как последние собаки.
Саннины... Из них выжил только Орочимару, скрывшийся от гнева альянса двух деревень, в малоизвестной стране Чая, находящейся неподалёку от страны Воды. Поглотив одного из элитных шиноби Ивы, он теперь стал практически бессмертным, так как тело поглощённого обладало невероятной способностью к вечному перерождению клеток, поэтому оно не умирало.
Наруто, Сакура, Сай и ещё десятки шиноби успешно отступили к Суне, которая с радостью приняла их в свои ряды. Однако в Скрытом Пески начались массовые беспорядки - многие, боясь той же участи, что постигла Коноху, сбежали из деревни, а некоторые даже хотели выдать Коноховцев новым захватчикам. Гаара, Темари и Канкуро пытаются разрешить подобную задачу, однако всё больше людей уходит из деревни... И единственным методом остановить их становится изгнание Коноховцев и из Сунагакуре.

Но это лишь основной сюжет, который каждый может подвернуть под себя.